Assolutamente http://docs.oracle.com/javase/6/docs...es/guides/jni/
Tuttavia Java non era stato inizialmente pensato per questo tipo d'uso e l'implementazione della JNI è qualcosa di incredibilmente complicato e pesante da usare. Ma del resto ( spero non me ne vogliano gli affezionati di Java ) l'intero mondo Java è diventato estremamente farraginoso e pesante ( prova ad implementare un web service in Java e in un altro linguaggio di alto livello e vedrai l'enorme differenza in complessità ).
Inoltre il tuo problema è facilmente risolvibile con linguaggi molto più di alto livello, espressivi e quindi semplici da usare ( Python ad esempio ).
Riguardo l'interfaccia, che cosa ti serve esattamente? Qualcosa di cross-platform? Graficamente ricco o semplice? A seconda delle necessità ci sono metodi non troppo complicati per crearla in C. Con C++ e QT puoi avere un software che gira su praticamente tutti i sistemi operativi esistenti.