Ok, per gli utenti scrivo come ho pensato di risolvere. Ora l'ultima parte appare così:
codice:
InputStream in = Zf.getInputStream(one);
            BufferedInputStream br = new BufferedInputStream(in);
            FileOutputStream out = new FileOutputStream(one.getName());
            BufferedOutputStream bw = new BufferedOutputStream(out);
            byte [] ba = new byte [4 * 1024];
            int bubi = -7;
            while ((bubi = br.read(ba))>0) {
                bw.write(ba, 0, bubi);
            }
            bw.flush();
            bw.close();
            br.close();
Sembra funzionare a meraviglia, e spero che il codice sia buono