suppongo che items sia di js.
Tieni sempre presente che php e js non sono la stessa cosa, qui mi sembra che hai mischiato i due linguaggi.
con php puoi generare js stampandolo sulla pagina come html.
quindi quando scrivi js direttamente sulla pagina devi essere fuori dal php.
Codice PHP:
<!-- html -->
<script type="text/javascript">
// js
var items = [
<?php // php
mysql_connect("localhost","root","") or die ("impossibile connettersi");
mysql_select_db("testsite");
$result=mysql_query("SELECT * FROM pointers");
while($row=mysql_fetch_array($result)){
// stampo il js con php
echo '[{"lat":'.$row['lat'].',"lon":'.$row['lon'].'}],';
}
// fine php
?>
];
// js
</script>
<!-- html -->