suppongo che items sia di js.

Tieni sempre presente che php e js non sono la stessa cosa, qui mi sembra che hai mischiato i due linguaggi.

con php puoi generare js stampandolo sulla pagina come html.

quindi quando scrivi js direttamente sulla pagina devi essere fuori dal php.

Codice PHP:
<!-- html -->

<script type="text/javascript"> 
// js
var items = [
<?php // php
    
mysql_connect("localhost","root","") or die ("impossibile connettersi");
    
mysql_select_db("testsite");

    
$result=mysql_query("SELECT * FROM pointers");
    while(
$row=mysql_fetch_array($result)){
        
// stampo il js con php
        
echo '[{"lat":'.$row['lat'].',"lon":'.$row['lon'].'}],';
        
    }
// fine php
?>
];
// js
</script>

<!-- html -->