Finestra che si chiude anch'essa

[LeleFT]

Beh...

   public void actionPerformed(ActionEvent e){
        
        if(InterfacciaPrincipale.flagModifica==true){
            NotificaSalvataggioCambiamenti.nsc = new NotificaSalvataggioCambiamenti();
        }
        else
            RifIP.dispose();
            System.exit(0);
    }

L'istruzione che ho sottolineato fa esattamente quello: chiude forzatamente la JVM.

E, siccome non hai usato alcuna parentesi graffa nell'else... quell'istruzione viene eseguita sempre.

Ciao.