Ciao Chiara,
Ho provato a seguire la logica dello script, (non mi è molto "chiara" in realtà) ed ho riscontrato alcuni errori di logica. Alla funzione scegli(), ad esempio, viene passato un array e non una stringa, quindi l'istruzione "document.getElementById("c" + parte)" non ha senso.

Comunque, se il tuo scopo è sostituire lo sfondo di immagini gif trasparenti, puoi semplicemente applicare la regola CSS "background-color" all'immagine stessa.

codice:
<img src="gif-trasparente.gif" id="myImg">

<script type="text/javascript">
document.getElementById('myImg').style.backgroundColor='red';
</script>
Luca