Da alcuni accertamenti sembra siano proprio le connessioni al server ad essere più lente, se sono poche nello script non si nota ma se ce ne sono varie (pur utilizzando mysqli_close) rallenta vistosamente, anche per 5-6 secondi! Era immediato con mysql nelle stesse condizioni, non ne vengo a capo…..è come se utilizzasse più risorse o non le liberasse.