Risolto!
Si tratta di una non compatibilità tra il sistema di archiviazione dei dati della 4.0 (versione precedente) e la 4.3 (versione attuale).
L'unica soluzione per risolvere il problema è cancellare la cartella .skype dalla propria /home

Purtroppo si perdono i dati.

PURTROPPO skype è stato acquisito da Microsoft e non ci si potrebbe aspettare di meglio... Non c'è documentazione, non hanno avvisato che avrebbero tolto l'accesso a chi aveva la 4.0, non prevedono retrocompatibilità...