Puoi creare anche un JDesktopPane.
In un mio programma ho creato tanti JInternalFrame dove gestisco le varie funzionalità cliccando sulle voci del JMenuBar.
In tal modo puoi far aprire più finestre contemporaneamente.
Per il login ho fatto visualizzare il JDesktopPane senza menuBar(così non posso accedere alle funzioni), una volta autenticato come te distruggo il frame e aggiungo/faccio comparire la barra dei menù.

Ciao.