Per carità non mi toccate NetBeans...

NetBeans è l'IDE Java open source della ex SunMicrosystem. Java ed il progetto NetBeans sono di proprietà della Oracle ora. NetBeans è scritto in Java e sviluppato con NetBeans stesso. Oracle promuove NetBeans come IDE ufficiale di Java, anche se può non piacere. D'altra parte se il produttore del linguaggio è lo stesso dell'IDE, un piccolo vantaggio lo ha. NetBeans supporta vari linguaggi e compilatori tramite plugin. Alcune di queste estensioni sono ufficiali di NetBeans e quindi gondono di un supporto, stabilità e caratteristiche d'integrazione significativo. Altre estensioni sono della community, e potrebbero avere qualche lacuna o perdersi con il tempo. Al momento del dowload puoi scaricare una versione qualunque, tanto poi gli altri plugin li scarichi direttamente da dentro NetBeans e ti ritrovi ciò di cui hai bisogno.

Oggigiorno IntelliSense (ctrl+space) lo hanno tutti gli ide degni di questo nome, altrimenti sono dei blocco note evoluti.

Detto questo, non mi è chiaro cosa intendi per "capire il criterio con cui php passa da un metodo all'altro in un pattern" dato che PHP non adotta alcun criterio se non quello previsto dal pattern stesso e programmato in un (quasi) qualunque linguaggio. Ciò che puoi fare, installando netbeans (penso anche eclipse) ed xdebug è eseguire il debug dello script php impostando i breakpoint nell'IDE e vedendo l'esecuzione una riga per volta in "step in", "step out" e "step over" o riprendendo l'esecuzione, il tutto dentro l'ide stesso. In tal modo puoi osservare il contenuto delle variabili, compresi gli oggetti, di tuo interesse e le varie chiamate entrando di volta in volta nel metodo da eseguire ed eseguendolo una riga per volta (step in). Ciò non di meno il comportamento del pattern, e quindi il criterio alla base delle invocazioni di metodi, è quello descritto dalla teoria alla base del pattern stesso.

Puoi anche integrare nell'IDE APIGen per ottenere la documentazione dal codice, sempre che ci siano i commenti di documentazione nel codice e non puro codice come quello che hai postato ceh produrrebba una documentazione relativamente utile.

Comunque il codice che hai postato incuriosice... se ho tempo lo guardo.