Immaginavo questa necessità ma a questo punto non è pratico inserire come stringa i vari id separati da virgola nella sessione ma ti conviene inserire in sessione direttamente l'array contenente gli ID.
Mantenendo qusta logica invece, dovresti fare una cosa del genere:

Codice PHP:
...
function 
remove($arr$id) {
    if (
in_array($id$arr)) {
        unset(
$arr[array_search($id$arr)]); 
        return 
array_values($arr);
    } else {
        return 
$arr;
    }
}

$id "ID da rimuovere";
$ids explode(","$_SESSION['carrello']);
$newIds remove($ids$id);
$_SESSION['carrello'] = implode(","$newIds);
...