Secondo me è meglio distribuire le query durante la fruizione del sito, farle quando è richiesto, saranno anche tante, ma mica serviranno tutte per qualsiasi pagina si sta visitando, ogni pagina ne richiederà un po', no?
Se sono davvero tante e le fai tutte insieme all'inizio l'apertura sarà lenta e l'utente si stuferà ad aspettare.

Considera anche che i dati che salvi da qualche parte tramite JS contribuiranno a mangiare RAM sul PC di chi naviga e se il PC di RAM ne ha poca gli provochi danni anche nell'utilizzo delle altre applicazioni.