Francanente mi sfugge il senso della domanda... geant4 è un toolkit sviluppato al CERN per la simulazione di sistemi di particelle, in particolare per simulare il passaggio di fasci di particelle attraverso la materia. Si tratta di un toolkit scritto in C e C++, compilabile con GCC e Visual Studio.. quindi è ovviamente scritto (anche) in C. Si tratta comunque di simulazioni estremamente complesse, che richiedono un cumulo di conoscenze verticali non solo nel dominio del problema, ma anche nell'ottimizzazione numerica, nella valutazione di stabilità dei relativi metodi, e nell'ottimizzazione in generale - trattandosi di calcoli su matrici molto estese, spesso anche sparse.
Non si tratta certo della tipologia di problema che si possa affrontare "non sapendo neppure da dove iniziare": occorrono anni di studio e di pratica per mettere in piedi un sistema di simulazione stocastica in C (rectius, in C++ che è maggiormente adeguato ad un progetto di tali dimensioni). La domanda è: cosa ti impedirebbe di usare direttamente geant4 o uno dei vari equivalenti? Codesto tipo di software scientifico è letteralmente il tripudio dell'opensource e della disponibilità gratuita, anche se spesso la documentazione è lacunosa o del tutto inesistente.

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