Ti consiglio di modificare questa riga così:

Codice PHP:
echo '<input type="checkbox" id="'.$value['id'].'" name="id[]" value="'.$value['id'].'" />&nbsp;<label for="'.$value['id'].'" >'.$value['nome'].'</label><br>'; 
Poi nella pagina aggiorna.php gli id sono contenuti nell'array
Codice PHP:
$_GET["id"]