crei il file "modifica.php", che è un normale file php che apre il file, lo modifica e lo chiude.

Per richiamarlo usi ajax:
codice:
var ajax = new XMLHttpRequest;
ajax.onreadystatechange = function () {
    if (ajax.readyState === 4 && ajax.responseStatus) {
        // Se ti serve nella variabile "ajax.responseText" c'è l'output della pagina modifica.php
    }
}
ajax.open("get", "modifica.php");
ajax.send("param1=value1&param2=value2&..."); // Parametri