Se usi un editor che suporta il find/replace con le espressioni regolari puoi provare questo:

Cerca:
codice:
if *?\( *?\$_(GET|POST|SESSION)\[(.*?)\](.*?)\) *?{
Sostituisci:
codice:
if(isset($_$1[$2]) && $_$1[$2]$3){
(Se il tuo editor non le supporta passami i files che te lo faccio io)