Qual'è lo scopo di salvare i dati con quel formato? Non sarebbe la lunghezza del campo del db ad essere troppa piccola ?

Secondo me potresti riempire la stringa senza dover leggere la tabella (ovviamente se lo scopo è di fare un controllo sui dati immessi dall'utente è lecito farlo anzi obbligatorio).

Non testato.
Codice PHP:
$lista_comune "";
$array $_REQUEST;
foreach(
$array as $key => $value) {
 
$pippo substr($key,0,3);
 
$caio substr($key,3);
 if (
$pippo == 'co_') {
  
$lista_comune .=  "$caio,";                  
 }