L'array $REQUEST contiene l'id dei comuni selezionati preceduto da co_. La tua query legge tutti gli 8000 id dei comuni per poi confrontarli con gli id presenti in $REQUEST. Quindi se prendi le chiavi di $REQUEST che cominciano da co_ e prendi la parte che non contiene co_ allora hai la tua lista.
pippo e caio sono nomi di variabili in quanto ho poca immaginazione. Pippo potrebbe essere prefisso e caio idcomune.