Metti il dato nel db, l'amministratore modificherà questo dato.

All'inizio della pagina dove hai il cowntdown leggi tale dato dal db e lo metti in una variabile, nel punto voluto del codice JS (suppongo che sia fatto con JS il cowntdown), dove assegni il valore del tempo, ci metti la variabile PHP col dato recuperato, tipo

... codice JS per il cowntdown ...
timeout = <?php echo $valore_recuperato_dal_db ?>;