Tralasciando la parte del router e del front-controller posso dire che :

in controller ci sarà un metodo control() che dirà così :

se isset($_SESSION['id']) allora applica getDatiUtente() del modello e applica una certa vista
altrimenti applica getError() del modello e carica un altra vista
stando all'esempio dell azienda mi pare di capire che per ogni "reparto di azienda" o modulo ci dovrà essere un unico file controller ( ad esempio class ControllerUser ) , mentre ci potranno essere svariati modelli ...