Non potete creare/modificare/cancellare file o cartelle da un sito all'altro... OVVIAMENTE!
Pensa se io sapendo l'indirizzo del tuo sito creassi un file contenente un virus sul tuo server, sai le risate?

FTP è gestibile anche direttamente dal codice PHP, non serve per forza un programma esterno, con quello lì si che puoi fare quello che vuoi, perché richiede un'autenticazione.