Ti conviene iniziare a dare un'occhiata al design pattern architetturale MVC, che "prevede" la realizzazione di un'applicazione web in 3 componenti:
- Model, che contiene la logica di accesso ai dati
- Controller, che si occupa di recuperare l'input dell'utente ed elaborarlo
- View, che si occupa di presentare i contenuti
A volte è necessario aggiungere ulteriori livelli, ma in generale ne bastano 3.

Attualmente i principali framework MVC per PHP sono i seguenti:
- Zend Framework
- Symfony
- Yii
- Laravel
- Cache PHP
Se devi iniziare ti posso consigliare Zend Framework o Symfony (che sono forse più "spendibili" sul mondo del lavoro).