così blocchi l'accesso alla cartella (ci sono due modi, una cartella fuori dallo scope del web server o un file .htaccess interno alla cartella da proteggere nel quale scrivi le istruzioni che trovi nel link)
http://stackoverflow.com/questions/2...-script-access

poi fai un bello script in php che verifica se l'utente è loggato e ha i permessi per vedere il/i documento/i e se è tutto OK legge il contenuto del file richiesto mostrandolo a video o forzando il download