Innanzitutto bisogna vedere se nel tuo progettino ci sono di mezzo i nomi di "package" oppure no.
Comunque se la tua classe principale dipende da tutte le altre classi, sì, è sufficiente dare in pasto a javac solo la classe principale. javac è abbastanza "smart" da cercare le classi (.class già compilato o .java sorgente) che servono per altre classi.
Comunque se un progettino Java è composto da un discreto numero di classi e magari suddiviso in svariati package, compilare "a mano" con javac diventerebbe un pochino scomodo. Generalmente è preferibile usare almeno un tool di build come Ant o Maven, anche per poter generare facilmente jar e altro per la distribuzione del progetto.