Dovresti filtrare dalla seconda query i record presenti nella prima.
Forse potresti fare una sola query in quanto solo 'magazzino.Qt' cambia quando ne hai due. Ho tolto la join con la tabella meta in quanto non usi i suoi campi.

codice:
(SELECT cliente.Descrizione,articolo.codice,articolo.descrizione,listino_articolo.Prezzo,magazzino.Qt AS Qt_totale FROM database.db_user_anagrafica_point_cliente cliente 

INNER JOIN database.db1_arca_listino_revisione listino_revisione ON cliente.Cd_LS_1 = listino_revisione.Cd_Ls

INNER JOIN database.db1_arca_listino_articolo listino_articolo ON listino_revisione.id = listino_articolo.Id_LSRevisione

INNER JOIN database.db1_arca_articoli articolo ON listino_articolo.Cd_AR=articolo.Codice 

LEFT JOIN database.db1_arca_articoli_magazzino magazzino ON magazzino.codice = articolo.codice