Scusa .. rispondo solo ora. Tieni presente allora che client e server dovrebbero quindi comunicare tramite una qualche forma di web service (ripeto, SOAP, REST o altro). Ovvero nulla che riguardi HTML/Javascript/CSS o altro di "presentazione", dato che non è una web application classica e la presentazione è già tutta sul client.
Sul server in questo caso il MVC centra relativamente poco/nulla, nel senso che per gestire web service si usano framework specifici (es. una implementazione di JAX-RS, come Jersey, per servizi REST oppure Apache Axis per servizi SOAP). Poi se possibile dovresti cercare di rendere i servizi il più possibile "stateless" ma questo dipende anche da quali logiche devi gestire.
Lato client sì, puoi sicuramente applicare il MVC. L'architettura di Swing è modellata sul pattern MVC ma di per sé Swing non ti obbliga o orienta nell'utilizzare il MVC per l'intera applicazione. Questo spetterebbe a te. Dubito che esista un singolo framework che permetta di vedere l'intero insieme client-server (per lo scenario che hai descritto) secondo il MVC.
Quindi quello che posso dirti è di valutare molto attentamente come suddividere la applicazione, come separare i concetti e come "intravedere" la implementazione del MVC all'interno della applicazione. Che sicuramente non sarà una applicazione "banale" vista la architettura che è ben diversa dalle applicazioni web "classiche" in cui il client è tipicamente solo un browser.
Se hai dubbi più specifici, chiedi pure.


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