Grazie mille ora ci sono riuscito!
Mi ero fossilizzato come un pirla su quel stiliBoxDefault e avevo ignorato il resto, anche perché ero convinto che il menù sarebbe stato costruito tenendo come punto di partenza il posto dal quale veniva fatta la chiamata della funzione.
Ecco cosa ho fatto:
CSS
codice:
#MENU {
vertical-align: top;
background: #3B2006;
color: #FFFFFF;
width: 100%;
height:60px;
padding: 5px 5px 5px 5px;
}
#MENU_DIV
{
position: relative;
left: 0px;
vertical-align: top;
background: #3B2006;
color: #FFFFFF;
width: 100%;
height:60px;
padding: 0px 0px 0px 0px;
}
HTML
codice:
<tr> <td id="MENU" colspan="2"><div id="MENU_DIV"><script type="text/javascript">MenuQuercia();</script></div></td>
</tr>
JS
codice:
this.box = new Level(this.boxS,MENU_DIV,this,this) this.sup = new Level(null,this.box,this.box,this)
this.supItems = []
this.central = new Level(this.cenS,this.box,this.box,this)
In un primo momento, prima di leggere la tua risposta mi ero arrangiato facendo una "taroccata" tremenda, ho creato una script che rileva l'eventuale resize della finestra e mandava in refresh la pagina, in questo modo il menù veniva ricostruito nel posto giusto... lo so che non era la soluzione migliore... 
codice:
window.onresize = function(){
var delay = 100; /* milliseconds - vary as desired */
var executionTimer;
return function() {
if (executionTimer) {
clearTimeout(executionTimer);
}
executionTimer = setTimeout(function() {
window.location.reload();
}, delay);
};
}();
Grazie mille del aiuto!