Non ho capito benissimo, sara' il lunedi' mattina...
Ma se intendi ad esempio le differenze fra i 3 ambienti, ho partecipato ad un progetto per Inps in cui c'era un software (che collaborava con IIS) che, a seconda dell'ambiente cercava files diversi che facevano le veci del web.config (ad esempio "CHGTEST_web.config", "CHGCOLL_web.config" etc). Ovviamente nel progetto c'erano tutti e tre.
Oppure, una ramificazione di scelte di custom keys lato server, secondo l'url.
Non ho mai visto altro, se non modifiche manuali prima del deploy e tentativi (errati) di modificarlo programmaticamente con le classi del file system, causando un riavvio del contesto.