Se hai fatto questa procedura, forse hai notato che il wizard permette di scegliere una Launch configuration. Se hai creato una configurazione di avvio per avviare, giustamente durante lo sviluppo, la applicazione da Eclipse, allora puoi sceglierla e nella esportazione per il JAR verrà usato sicuramente almeno il nome della classe principale per creare correttamente il manifest.
Esistono tools (es. Launch4j) che permettono di creare "launcher" nativi (.exe o quello che è per un S.O.) ma questo è un altro discorso.