Il disguido non nasce da Google, bensì dal fatto che il file system di Windows è case insensitive, al contrario dei sistemi basati su Unix su cui internet era basta inizialmente. Google aveva letto in passato l'indirizzo in minuscolo e il server continua tutt'ora a servirlo in quanto gli basta il file in maiuscolo per farlo.

Detto questo, inserire quell'url nel robots non mi sembra la soluzione migliore, che credo sia quella del canonical url che ti ho segnalato prima o, in alternativa, quella di fare un redirect 301 da uno all'altro URL. Otterresti comunque l'eliminazione della duplicazione, senza dover bloccare la scansione di nessun URL del tuo sito.