Innanzitutto devi cercare di delineare le entità in gioco e "modellarle" con classi Java. Devi trattare delle "linee di trasporto" e appunto hai una classe Linea. Devi trattare delle "fermate" .... hai quindi una classe es. Fermata? E poi Linea potrà avere un campo di tipo LinkedList<Fermata>. Ti è più chiaro ora?