Di solito quando vuoi rappresentare su stringa il risultato di una cifratura/firma si utilizzano i numeri, per la precisione cifre esadecimali.
Si parte dal presupposto che quello che partendo dalla stringa puoi comunque ritornare alla sequenza di byte che rappresenta la cifratura (in questo caso) e il passare per un charset può rendere difficile questa operazione. Oltretutto la rappresentazione può dare informazioni falsate o darti caratteri no stampabili.
qui trovi delle indicazioni interessanti (il principio è se vuoi stampare passa a stringa esadecimale)
http://stackoverflow.com/questions/9...string-in-java

se a te interessa sapere se coincidono oppure meno invece devi fare un confronto byte a byte, puoi stampare a video il valore del byte (lo vedi ovviamente come intero) o puoi passare anche in questo caso alla rappresentazione esadecimale (cosa che di solito faccio).
Come ti diceva andbin, da quello che hai scritto adesso vedi che sono due riferimenti ad array differenti (e ci sta) ma non sai nulla del contenuto (cosa che invece credo tu voglia sapere)