Puoi usare i comandi da sessione "dos"; in particolare il comando mput (che trasferisce file verso il server ftp) accetta anche carattery jolly

Prova a vedere questo: http://www.thesqlreport.com/?p=143 (in cui mostrano mput ed un altro paio di comandi utili ma poco noti come "prompt no")
e questo http://www.simotime.com/ftp4cmd1.htm (che spiega anche come crearsi un file .bat che faccia tutto quello che ti serve)