Se vuoi puoi anche farlo con i comandi batch di windows

codice:
@ECHO OFF
FOR /F "delims=" %%a IN (%1) DO SET LastLine=%%a
ECHO.Save '%LastLine%' in '%2'
ECHO.%LastLine% > %2
PAUSE
Ammesso che chiamerai il file "SalvaUltimaRiga.bat" lo usi con
SalvaUltimaRiga.bat FileSorgente.txt FileDestinazione.txt