Io per esperienza ti consiglio Prestashop.
Poi dipende dalle conoscenze che hai. Se conosci già un cms (tipo Joomla o Wordpress) puoi optare di utilizzare un plugin per quel cms, ad esempio Virtuemart per Joomla oppure Woocommerce per Wordpress.

Prestashop è nato proprio per l'ecommerce, e con l'ultima versione a mio parere ha raggiunto un buon livello di usabilità.
Questa è la guida: http://www.html.it/guide/guida-prestashop/
P.S: la guida che ti ho segnalato non è ancora completa, stanno pubblicando gli ultimi articoli in questi giorni, ma ti consiglio comunque di seguirla.