Vai su Estensioni -> Gestione Moduli, scegli il modulo associato al main menu e assicurati che in basso, nel riquadro Associazione Menu, sia selezionata la voce "su tutte le pagine".
Se è già selezionata prova a disabilitare la cache e svuotarla, così:
Vai su Sito -> Configurazione Globale, vai nella scheda Sistema è in corrispondenza di cache scegli Disabilitata.
Poi vai su Sito -> Manutenzione -> Elimina Cache Scaduta e clicca su Elimina Scaduti.
Infine vai su Pulisci Cache, selezioni tutto e fai Elimina.