Ciao, quali sono questi codici di allineamento?
Provando ad utilizzare i codici di allineamento, il div resta comunque nel posto d'origine.
Se ti riferisci a text-align:left; (che hai applicato sullo style del div), questa regola chiaramente non influisce affatto sul div stesso (cioè l'elemento contenitore) ma solo sul suo contenuto (cioè 1<br>2<br>3) che, preso così, viene correttamente allineato a sinistra all'interno del div.

Inoltre quel div può essere soggetto ad ulteriori regole CSS che agiscono direttamente su questo o che lo influenzano in qualche maniera per vie traverse. Queste regole possono essere infatti dichiarate in linea e/o incorporate nel documento e/o, ancora, impostate come foglio di stile esterno, e possono agire sul div stesso e/o su elementi genitori che influiscono indirettamente su questo.
Per tale motivo, anche vedendo quel codice che hai postato, vale sempre quanto già affermato da Prill:
risulta impossibile risponderti senza vedere il tuo codice (in azione, vale a dire la pagina online)
Posso giusto consigliarti di provare ad aggiungere un float direttamente sul div, in questo modo:
codice:
<div style="float: left;text-align: left; width:200px;height:100px;overflow-y: scroll; border:1px solid black;">1<br>2<br>3</div>
Se risolvi così, allora ti è andata bene. Diversamente non è semplice poterti aiutare senza avere un riscontro runtime della pagina in questione.