L'unico modo per programmare nativamente per Android è Java+Android SDK.
Poi ci sono svariate altre soluzioni. Ad esempio con C++ + qt poi ottenere codice multipiattaforma e programmare in un sol colpo per Android, iOS e ...
Oppure C# che con xamarin diventa multipiattaforma con una semplicità e funzionalità direttamente proporzionali al tuo conto in banca.

Svariate altre soluzioni...

Insomma, inutile elencarle.

I linguaggi nativi sono comunque Java Android, Objective C o Swift iOS, principalmente C# Windows Phone.