Guarda, per spiegarmi veloce:

UTENTE:
utente_id (PK)


QUOTA:
quota_id (PK)
quota_utente_id (FK ma anche'essa PK)

PAGAMENTO:
pag_id (PK)
pag_quota_id (FK ma anch'essa PK)
pag_quota_utente_id (FK sempre da QUOTA ma PK in automatico da WorkBench)
In pratica la tabella utente, la tabella quota associata all'utente con le sue voci, la tabella pagamenti associata alla singola quota per mantenere traccia dei pagamenti rispetto alla quota da pagare.

Workbench col suo sistema di modeling praticamente ha portato in PAGAMENTI l'intera PK di QUOTA. Ecco perchè viene fuori così. Non so so è giusto o sbagliato, la cosa che vorrei capire è se cancellando un utente con questo sistema in automatico mi viene via tutto quello che è collegato direttamente o indirettamente ad esso. Da un lato il problema potrebbe essere una serie di pagamenti non più associati a nulla (da evitare), ma viceversa anche il classico errore da CONSTRAINT che mi impedisce la cancellazione di un utente (anche questo fastidioso direi).