Ciao non sono un esperto, ma in questo link è indicato come controllare un led con arduino e browser,

http://www.logicaprogrammabile.it/co...otare-arduino/

quindi se in un tuo script php metti un link, comandi arduino.., ma in realtà non è la pagina php che invia il comando, ma è il browser che usi, la pagina contiene solo una copia del link.