Convinto tu...
A me è capitato di aggiungere manualmente programmi in quella cartella e sistematicamente non partivano... Altri programmi che invece toglievo, continuavano ad aprirsi all'avvio del sistema perché erano in Avvio su Msconfig.

Prova a verificare se c'è qualche processo che blocca le esecuzioni automatiche (esempio: il firewall se rileva connessione), quindi cambia l'istruzione in merito (nega/consenti), in modo che consenta l'avvio automatico.