Secondo me stai passando alla funzione un path errato (a vedere dal tuo script):
readdir() ti restituisce solo il nome del file e non il path.
Il file si trova dentro la cartella uploads, ma tu non ne tieni conto.
ad esempio
il file pippo.txt sta in <dir_corrente>/uploads/
$file = pippo.txt
tu fai filemtime($file) => filemtime(<dir_corrente>/pippo.txt) , che ovviamente è sbagliato, visto che manca "uploads"

Io ti consiglieri di usare sempre i path assoluti se devi lavorare su file system