Non so come tu lo stia applicando, ma con questa paginetta minimale funziona perfettamente
codice:
<script>
setTimeout(function(){verificaFocus('ab')},3000)
function verificaFocus(id){ var e = document.getElementById(id);  if(e === document.activeElement){  alert("attivo!");   }else{  alert("disattivo");      }    }
</script>
<body>
<input type="text" id="ab">
</body>
Come richiami il controllo? sei sicuro che gli oggetti interrogati esistono gia' quando lo richiami? almeno un alert del value del campo funziona?