1. togli tutti i metodi di logica dalle GUI. Il fatto che tu hai un metodo che fa "operazioni" non è corretto.
Le tue operazioni devono stare in un punto a parte (a volte anche package differenti) perché sono cose differenti. La GUI si DEVE limitare a chiamare il metodo che ti interessa, non a fare logica. Ti può sembrare la stessa cosa, ma in realtà non lo è.
2. togli tutti i metodi di logica dalla GUI (parte II): puoi avere dei dati che prendi da caselle di testo o che. Richiamarle da un'altra classe è concettualmente errato, non sai cosa è valorizzato bene e cosa no e puoi avere risultati errati.

A maggior ragione se ti accorgi di una parte di logica che devi usare in 2 punti differenti, la stai posizionando in partenza male.

Poi l'altra volta io ti ho fatto una domanda specifica e tu mi hai detto si.
Da quello che scrivi (italiano si, comprensibile no) si evince che hai una libreria (quindi un jar) pippo che dentro ha Pluto. Da un'altra parte (e non hai detto dentro la stessa libreria) vuoi estendere Pluto e fare in modo che pippo dove scrivi Pluto legga Pluto2. Ti ho detto che questo è errato.
Adesso tu mi dici che il package è unico e che hai i sorgenti. Ovvio che se estendi una classe, esegui il metodo riscritto, a condizione che nel momento in cui istanzi il tuo oggetto, attribuisci a questo una istanza di tipo Pluto2 e non di tipo Pluto.

Quando lavori devi ANCHE provare ad eseguire senza l'IDE, perché ogni IDE si porta dietro delle librerie, dipendenze che vai a specificare in modo facile con l'interfaccia grafica, ma che poi ti scordi di esportare o di considerare.
In realtà crei un jar per tutte le prove del caso, si chiama "fare il developer".