Prestashop 1.4 inizia ad essere una piattaforma obsoleta... la 1.6 so che prevede un tema responsive che gestisce al meglio la questione mobile. Potrebbe essere il caso di valutare un aggiornamento.

Nel vostro caso avete una versione del sito a parte per il mobile? Le linee guida di Google in questo caso prevedono il canonical url e il link alternate, vedi le loro documentazioni:
https://developers.google.com/webmas...e-sites/?hl=it