Si.
Per X motivi:
- oggi i dati ti servono per il web e magari credi possa avere senso encodarli in entità html. Ma se domani li esporti e li metti su un altro supporto non web che non capisce le entità html?
- Se per un periodo limitato, vi è un errore nel codice per cui non li encodi al salvataggio o lo fai in modo parziale o ti accorgi dopo un anno che i flags che usi non sono sufficienti, avrai filtri promiscui. Come fai a sistemare?
- motivo logico: un database è un posto dove metti i dati. I dati sono quelli che vuoi mettere non quelli che vorresti vedere sul browser. Se metti <bla>, il tuo dato è <bla> e non <bla&rt;. Una "è" è una "è" e non un "è". Quest'ultima è una rappresentazione del dato, non il dato stesso.
- motivo pratico: devi stare a ricordarti di decodificarli quando ti servono decodificati, e reincodarli al salvataggio. E' una cosa più propensa agli errori rispetto al fatto di ricordarti "solo" di filtrarli quando fai un echo (cosa che puoi quasi automatizzare in certi contesti e alcuni template engine fanno in automatico)


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