Se vedi nella loro documentazione vedrai che forniscono più di un modo per installarlo, uno di questi è Composer: http://phpdoc.org/docs/latest/gettin...using-composerDato che a me non interessa PEAR come posso, senza questo ultimo, avere phpDocument?
Leggi poi la parte "Running phpDocumentor" di http://phpdoc.org/docs/latest/gettin...mentation.html
Per me puoi saltarlo e tornarci in un secondo momento, ma prendila come una occasione per familiarizzare con composer o con phar.Devo fare uno sforzo e leggere il capitolo 16 ugualmente?