In verità al momento della compilazione dovrebbe interpretare il link come /Admin e non come /?area=Admin...

L'area "Admin" è compilata in progetto a parte e inclusa nel principale (Ho anche altri progetti fatti in questo modo e funziona...)
Spostando l'area dentro il progetto principale il tutto funziona, se la tengo in un progetto separato non funziona su IIS ma funziona utilizzando il debug di Visual Studio...