Perche non ti fai tornare una bella stringa ok/ko da php? cosi puoi anche mostrare a video qualcosa come "playlist aggiornata con successo" o un messaggio di errore in caso di ko, o almeno verfica che la chiamata sia andata a buon fine(status 200).

Puoi monitorare le richieste che invii, dalla console del browser o firebug, cosi da verificare se la chiamata è stata effettuata e lo stato.

Non c'è nessuna regola strana in javascript, la chiamata viene effettuata quando fai il send, che ci sia o meno l'alert e non è obbligatorio gestire la risposta. E' impossibile capire perchè questo comportamento anomalo nella tua pagina se non ci dai un link.

p.s. java non è javascript, sono due linguaggi ben diversi