Il passaggio da un sito statico a CMS non comporta perdite di posizioni inevitabili, dipende da come viene gestita la cosa. Per caso hai verificato la possibilità dei fare dei redirect 301 dalle vecchie pagine statiche alle nuove del CMS? Forse sei ancora in tempo per recuperare qualcosa.

Quanto al pallino verde o arancio del plugin Yoast, si tratta di una cosa molto indicativa e non va presa come un giudizio di merito assoluto. Detto questo, a mio parere un breve contenuto statico in una home che contiene gli ultimi articoli del magazine, e che quindi è soggetta a continue fluttuazioni del contenuto presente in essa, potrebbe non essere una cattiva idea.