Però non sapendo quali sono queste condizioni (dipende dal tuo codice, ne hai postato solo un frammento, il do .. while ad esempio è incompleto), non posso far granchè. Posso postarti questo snippet:
Codice PHP:
<table>
    <?php
        $righe_da_cambiare = array(3,4,8);
        for($i=0;$i<10;$i++){
            $bgcolor = 'green';
            if(in_array($i,$righe_da_cambiare)){
                $bgcolor = 'red';
            }
            echo '<tr bgcolor="'.$bgcolor.'">';
            echo '<td>testo della cella '.$i.'</td>';
            echo '</tr>';
        }
    ?>
</table>
che senz'altro è una buona base per personalizzare il tuo. Ho usato una condizione farlocca (un array con il numero di righe, nel mio caso terza quarta e ottava), se la condizione si verifica vado a sostituire la variabile dello sfondo.